9話から１１話までを収録。

沢木が菌が見えなくなってしまうので菌たちの登場回数が減っています。
その代わり長谷川さんをはじめとした人間関係の話に注力されています。

全11話通じていえることは、キャラのセリフ一つ一つとってもかなり原作に忠実です。
原作好きな方には安心して見れると思います。

ただ、個人的には11話で終わってしまったことが残念。
沖縄編や翌年の春祭の話などまだまだネタはあったはずなのに。
大人の事情（特典のDVDでそんな話がありました）が絡んでいたということですが、
原作ファンとしては残念でした。

漫画のほうはまだまだ続いているので、ストーリーが溜まったら続編を希望したいですね。
そのときは、菌劇場にフラブスとオリゼーの日米における見解の違いについてのお話を是非！
(2008-09-20)

ＤＶＤ４巻では、主に原作本の３巻と４巻が使われている。

第10話ではゴスロリ衣装の蛍と、日吉酒店前で急接近しちゃった直保が
ショックのあまり、菌たちが見えなくなるところから始まる。
そして時間をかけて、菌たちが再び見えるようになるまでの様子が描かれている。

菌が見えなくなったら、もうお終いだと口にする遥嬢を、さりげなくたしなめる拓馬の言葉、
「沢木は沢木だ、それで、よくねェ？」は、とても温かい。
下痢の原因を作った張本人に対してなのに、決して責め立てることなく、終始態度は穏やか、良い先輩だ。

最終話、オリゼーたちが食パンに描いた「さわき」の３文字を見て
「そっか…おまえらはずっといたんだな」呟く直保の言葉にもホロリとさせられる。

その後、蛍と話し合った後に、樹研究室を訪れた直保に近づき、
「仲直りの仕方が分からない」と呟いて、ぎゅっと抱きしめる遥嬢。
女の目線から見れば、ティーンエイジャーがお気に入りのぬいぐるみを抱きしめている雰囲気だが、
男性から見れば、何てもったいない、と目まいを起こしかねないシチュエーションだ。
実際、再び菌が見えるようになったとたん、オリゼーたちから「男らしくない奴だ！」と突っ込まれている。

いずれにせよ、直保の立ち直りが早かったのは、おそらく周囲からの支えあってこそ。
何となくしんみり、もっとオリゼーたちに醸されたいと願う声をよそに、わずか全１１話で終了となってしまった。

そこで、もうちょっと見たかったというファン心理に応えたのが、菌劇場スペシャルである。
こちらは、本編ではカットされた沖縄編。蛍そっくりの少女・優ちゃんと海洋細菌、
そして川浜拓馬扮する『カリブの黄色いジュゴンちゃん』が登場する。
超スピード泳法で渦潮を作るという、ジュゴンちゃん大暴れシーンは必見だ。

もやしもんアニメは、回を重ねる毎に露出度が高まっていて、内容も青年向けになっているが、
オリゼーの可愛らしさに子どもファンも多い。

今度は特撮ありの実写版でぜひ見たい。肌の露出は控えめにしてほしいが。 (2008-03-27)